Sommige wetsbepalingen uit de NHV kunnen op verschillende manieren geïnterpreteerd worden. Bij interpretatieonduidelijkheden, dus wanneer bepalingen niet eenduidig zijn, wordt in de rechtspraktijk gebruikgemaakt van interpretatiemethoden zoals de grammaticale, systematische en teleologische. Lidstaten moeten daarbij rekening houden met de doelstellingen en het stelsel van de NHV en het bredere Unierecht. De ruimte voor interpretatie is dus niet onbeperkt: lidstaten moeten handelen binnen de context en het doel van de Europese regeling. Op EU-niveau wordt via werkgroepen ook nadere duiding gegeven aan verschillende bepalingen en hebben lidstaten een bepaalde beleidsruimte. Hierbij mogen lidstaten de geest en doelstellingen van de NHV niet ondermijnen. Uiteindelijk beslist het Hof van Justitie hoe de bepalingen in de verordening moeten worden geïnterpreteerd. Daarnaast zijn er ook nog verschillende keuzes te maken, bijvoorbeeld hoe stedelijke ecosystemen worden afgebakend. Vaak hebben lidstaten een keuze binnen bepaalde kaders.